折りたたみ時にそのままタイヤ上へ収めるようにするには、角度調整が可能なものでもないと難しいかもしれませんね。あるいはワクだけのもので、タイヤを通すことができるような形状のものとか。…まぁ、それは自作でもしない限りなさそうですけど。

現実的なところでは、やはりMaruさんのように折りたたみ時は干渉しないように回転させるっていう方法ですかね。
バッグはまだ未入手なのでどの程度余裕があるものか分かりませんが、運ぶときは取り外すつもりでいた方がいいかもしれませんね。ハンドルなどと違って取りつけ角度を正確にする必要もないでしょうから、そう苦でもなさそうですし。

ともあれ、軽くて小さいのを見つけたら試してみたいです。

うえのさん、どもです。
私の場合、デザイン優先でTIOGAの一番小さいのをつけたんですが、斜め下向いてます。
これはちょい失敗でしたね。

変形なんですが、タイヤを避ける位置にキャリアをもってくるとシートは更に先となりますので輪行バッグに入りきらなくなってしまうと思います。
シート出ててもいいならこの方法でも良いかもしれませんね。
ちなみに私の場合、キャリアを固定する六角のボルトをクイックに変えて、180度回転させて畳んでます。

荷物を体に付けないのは楽なのでリアキャリアとってもいいですよ～。